Den 2. oktober 1943 blev de danske jøder arresteret. Det lykkedes dog hovedparten af de ca. 7.000 jøder at flygte til Sverige. I alt 472 danske jøder blev arresteret, hvoraf de 470 blev sendt til ghettoen Theresienstadt i det nuværende Tjekkiet.
Blandt de arresterede var 60 jøder, der var bosiddende på Fyn. Før aktionen boede der ca. 240 jøder på øen, så procentdelen af arresterede var betydeligt højere her end i det øvrige Danmark.
En stor del af jøderne på Fyn var unge – også mindreårige – mandlige indvandrere fra Tyskland og Østrig, der var i gang med at tage en uddannelse inden for landbruget. Mange af dem blev ikke advaret, inden tyskerne kom for at arrestere dem.
De arresterede jøder fra Fyn blev i løbet af morgenen den 2. oktober 1943 samlet på Vestre Skole, som det tyske militær havde beslaglagt i 1940. Allerede samme dag blev de i tildækkede lastbiler kørt til Kolding. Efter nogle timer i en kælder på Koldinghus blev de om natten mellem den 2. og 3. oktober kørt til Kolding Godsbanegård. Her holdt et tog med fire godsvogne og ventede på dem. Der blev stuvet 30 personer af begge køn ind i hver godsvogn, som kun var forsynet med en spand, hvor fangerne kunne forrette deres nødtørft. Turen til Theresienstadt tog seks lange dage. Det var en strabadserende rejse, og en ung kvinde aborterede undervejs.
I Theresienstadt levede fangerne under kummerlige forhold og med en konstant frygt for at blive sendt videre til udryddelseslejren Auschwitz. I alt 53 jøder fra Danmark mistede livet i ghettoen. To af dem var fra Odense, nemlig landsretssagfører Axel Metz fra Hjallesevej og den unge Ruth Nebel fra Buchwaldsgade. Derudover døde også dommer Julius Moritz fra Assens.

Aktionen mod danske jøder var et led i det nazistiske, grusomme projekt med at udrydde Europas jøder, også kendt under betegnelsen Endlösung (Den endelige løsning). Man regner med, at ca. seks mio. jøder blev myrdet af nazisterne – og heraf mistede ca. tre mio. livet i de nazistiske koncentrations- og udryddelseslejre. Dette folkemord bliver traditionelt kaldt for Holocaust.
Hadet til jøderne var et centralt element i den nazistiske verdensopfattelse. Jøderne blev betegnet som undermennesker og en underlegen race, der skulle udskilles fra det tyske folk.
Allerede kort tid efter, at nazisterne i 1933 tog magten i Tyskland, indførte man love vendt imod jøderne. Samtidig steg volden mod den jødiske befolkning markant. I 1935 blev de såkaldte Nürnberg-love vedtaget. Det blev lovligt at behandle jøder dårligere end andre tyskere, og det blev umuligt for jøderne at leve som almindelige borgere i Tyskland. Fra sidst i 1930’erne pressede nazisterne mange jøder til at flytte fra Tyskland, men uden det store held, fordi de fleste lande – herunder Danmark – ikke ville modtage dem.
Efter udbruddet af 2. verdenskrig den 1. september 1939 blev nazisternes had og forfølgelsen af jøder udbredt til de besatte lande. Tusindvis af polske jøder blev enten skudt eller tvunget ind i overbefolkede og indespærrede områder i de større byer. I disse ghettoer, som de blev kaldt, døde folk i stort tal af sult og sygdomme.
Efter Tysklands angreb på Sovjetunionen den 22. juni 1941 besluttede nazisterne at slå alle Europas jøder ihjel. Fra 1941 blev der i Polen og andre dele af det østlige Europa oprettet udryddelseslejre, der havde som formål at myrde så mange jøder som muligt. Ghettoerne blev tømt for mennesker, som blev sendt direkte i udryddelseslejrenes gaskamre. Fra hele det tysk besatte Europa – blandt andet Holland og Norge – blev jøderne arresteret og sendt til udryddelseslejre som Auschwitz i det sydlige Polen, hvor hundredtusindvis af mennesker blev gasset ihjel straks efter ankomsten.
Af politiske og til dels ideologiske årsager kom ”jødeaktionen” i Danmark først senere, da tyskernes samarbejde med den danske regering brød sammen den 29. august 1943. Den tyske ledelse mente – sandsynligvis med rette – at det ville skabe for meget uro i Danmark og ødelægge det relativt gode samarbejde med de danske myndigheder, hvis man arresterede de danske jøder. Men da samarbejdspolitikken brød sammen, kunne planen iværksættes.
De danske jøder blev sendt til Theresienstadt og ikke til en udryddelseslejr som Auschwitz. Mange historikere mener dog, at nazisterne også havde til hensigt at udrydde de danske jøder, men at de blandt andet af hensyn til de danske landbrugsvarer, som blev sendt til Tyskland, fandt det klogest at vente. Lykkeligvis nåede de allierede at nedkæmpe Nazityskland, før planen kunne føres ud i livet.