Jørgen Hvalkof stammede fra Sønderjylland og var student fra Sønderborg Statsskole i 1935. Han begyndte at læse medicin og fik kandidateksamen i juni 1943. I oktober samme år begyndte han sin turnus på Svendborg Amtssygehus, hvor han var, indtil han i november 1944 fik ansættelse på Odense Amts og Bys Sygehus og flyttede ind i lægeboligerne på Kløvervænget 12B.
Jørgen Hvalkof var fra en familie af militære modstandsfolk, men der er ikke noget, der indikerer, at han selv var involveret i regulært modstandsarbejde.
Det var tilsyneladende fuldstændigt tilfældigt, at han blev valgt som clearingoffer. Hans ulykke var, at tyskerne havde besluttet at myrde et antal læger i Odense, og under aktionen blev han udvalgt ved en tilfældighed. Hvalkof og hans kolleger blev dræbt, fordi tyskerne ville straffe den odenseanske lægestand, som man mistænkte for at have hjulpet modstandsbevægelsen.
Få dage forinden var det nemlig lykkedes den odenseanske modstandsbevægelse at befri en kammerat, Vagn Gunness, fra sygehuset, efter at han var blevet hårdt såret under en likvideringsaktion i Brogade 3. Det på trods af, at tyskerne bevogtede hans stue.
Derfor er det meget sandsynligt, at det tyske sikkerhedspolitis ledelse i forbindelse med en allerede planlagt terroraktion i Odense og andre provinsbyer besluttede sig for at hævne sig på den odenseanske lægestand ved at dræbe flere læger. Ved retsopgøret efter besættelsen kom det frem, at Det tyske sikkerhedspolitis leder i Danmark, Otto von Bovensiepen, havde beordret Petergruppen til at skyde seks-otte læger i Odense.
At Jørgen Hvalkof blev valgt som clearingoffer skyldtes, at han boede i lægeboligerne på Kløvervænget 12B. Der er ikke noget, der tyder på, at gerningsmændene vidste, hvem han var og specifikt valgte ham.
Gerningsmændene fra Petergruppen ankom til Kløvervænget 12B tidligt om morgenen den 20.2.1945 og gik straks op på 3. sal, hvor danskeren Kaj Henning Bothildsen-Nielsen bankede på dørene og råbte, at alle skulle komme ud, da bygningen skulle sprænges i luften. Ud kom tre læger, og de blev med en pistol i ryggen beordret ned i stueetagen. På vej ned åbnede en søvndrukken, Jørgen Hvalkof, sin dør. Han var tilsyneladende blevet vækket af larmen i opgangen og ville se hvad der foregik. Ulykkeligvis kostede det ham livet, for han blev taget med ned sammen med de tre andre læger.
Ved indgangen blev Jørgen Hvalkof og de tre andre læger stillet op på en række med ansigterne mod muren. Herefter tog fire medlemmer af Petergruppen opstilling bag hver sin læge og dræbte dem ved nakkeskud.